A expedição é parte fundamental na proteção dos Povos Isolados, para a sua localização, para o dimensionamento territorial e a vigilância permanente do seu meio ambiente, certificando, delimitando ou preservando sua área de domínio. A expedição é a última etapa de uma série de providências iniciadas anteriormente, como, por exemplo, os sobrevôos: momento em que se pode ter a visão área da geografia a ser percorrida e a situação do nível das águas dos rios.

          A expedição é dividida em duas etapas:

          1 o No âmbito urbano, quando se contrata o pessoal adequado, iniciando a compra de equipamentos e combustíveis. Esta primeira etapa é voltada exclusivamente para a organização da expedição.

          2 o No âmbito da largada inicial dos barcos, uma vez que em 90% das expedições amazônicas o início da expedição começa nas navegações fluviais. Posteriormente, chega-se ao ponto escolhido, montando o acampamento básico, ancorando a comunicação necessária, barcos e a maior parte da alimentação. Em seguida, a expedição terrestre sai com os objetivos definidos para a verificação das condições ambientais e dos vestígios indígenas. Um dos avisos que os Isolados fazem para mostrar que não é para seguí-los ou ir até onde eles se encontram, são as tapagens, ou seja, vários paus fechando o caminho ou simplesmente um cipó ou um pau mais fino atravessado no percurso. Os indígenas sempre descobrem primeiro a sua presença do que você a deles. Muitas vezes, quando chega a noite e os Isolados, que já vem há dias acompanhando a expedição, ficam ocultos na floresta em torno do grupo, assobiando ou imitando vários pássaros, com o propósito de intimidar os invasores. Porém isto não obedece a uma regra e, podem ou não atacar a expedição a qualquer momento.

           A expedição, em suas tarefas, pode ter uma ou mais das seguintes finalidades: colher indícios da passagem de povos isolados; verificar se não há vestígios de invasões por parte de pessoas não autorizadas para circular na área; ou dimensionar a ocupação feita da terra pelos Povos Isolados.

           Durante uma expedição, é preciso ter um olhar aguçado para a análise, observando desde pegadas, que muitas vezes não são óbvias, a quebradas de pequenos galhos (uma quebra que o índio faz com a mão) e cortes feitos em árvores, assim como pequenos vestígios de consumo ou limpeza de algum animal. Estes vestígios podem ou não estar próximos a aldeia. As picadas mais próximas a aldeia são as que têm o solo mais batido, o caminho mais aberto. O silêncio é essencial nas expedições, principalmente quando se constata vestígios de índios nas proximidades.

           Para a sobrevivência na realização de expedições, a caça e a pesca é uma prática cotidiana, uma vez que grande parte de seus integrantes é composta por, basicamente, uma ou várias etnias indígenas. Outro fator importante de sobrevivência é o abastecimento aéreo.