O IBI nasceu da intenção de dar continuidade à política que iniciamos no âmbito da Agência Oficial do Governo para as questões indígenas, em especial atenção para os Povos Indígenas Isolados ou em contato inicial (povos recém contactados ou que mantêm a maior parte da sua cultura tradicional intacta), estando voltado para elaboração de projetos de proteção ambiental e para a defesa dos direitos humanos.